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大綱 Cut — 限制酶 Paste —DNA 接合酶 Copy —PCR Search —Southern Blotting Reading —Sanger Method
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限制酶— Cut
Restriction enzyme or restriction endonuclease 一種能選定特定 DNA 片段攻擊的核酸酶
(一種蛋白質)。 許多細菌天生就會產生,用來自我防禦。 細菌產生的限制酶有兩種特性:
只有特定的短序列( restriction site )會是攻擊的目標。
細菌會在自己的 restriction site 加上化學保護(甲基化 , methylated )。
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Restriction Site
由 4 到 8 個鹼基對構成 two-fold rotational symmetry
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選殖載體
Clone vectors :保存選殖基因,可用來複製或使基因有所表現。
質體( plasmid ):一種環狀 DNA 分子 噬菌體( bacteriophage ):一種病毒
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Restriction Map
對於某個 DNA 分子,限制酶會切出的位置圖。
Example:1. A : 1000
2. B : 100, 300, 600
3. C : 200, 800
4. A+B : 50, 100, 300, 550
5. A+C : 200, 375, 425
6. B+C : 75, 100, 125, 225, 475
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Partial Digest Problem
Let X be a set of points on a line. Let ΔX = The problem is:
Given ΔX, reconstruct X.
3, 2, 5, 5, 7, 10
},:{ Xxxxx jiji
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No polynomial-time algorithm is known. 也不知道是不是 NP-complete 。
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Double Digest Problem
We have A={2, 3, 5}, B={2, 2, 6},
C={1, 1, 1, 2, 5}
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Double Digest Problem is NP-complete. (Goldstein and Waterman, 1987)
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Southern Blotting —Search
可選殖出具有某已知序列片段的 DNA 小片段蘇格蘭科學家 E. M. Southern 於 1975 年發明。
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PCR—Copy
Polymerase Chain Reaction :用來大量複製被選殖出的 DNA 片段。 (Kary Mullis, 1984)
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Controlled Termination of ReplicationSanger Dideoxy Method ( 1977 ):定序
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RFLP
Restriction Fragment Length Polymorphism