2.-Ejercicio de MapViewer. a) Seleccionar en la ventana de la izquierda el organismo y lo que se quiere buscar (usar nombre del gen, o genes implicados en una funcin (cncer related genes, diabetes related genes, hypertension related genes, obesity, Alzheimer, sex, inteligence, oncogenes y tumor supresor genes, etc). a) Seleccione dos tema cualesquiera y haga una tabla que contenga: Cuntos genes estn relacionados a la obesidad /diabetes, y su localizacin cromosmica. Pan troglodytes (chimpanzee) genome viewEnfermedad No. de genes No. de Cromosomas Alzheimer APP 1498 hits shown 11, 17 ,21 , X http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=9598&query=APP

Canis lupus familiaris (dog) genome view Enfermedad No. de genes No. de Cromosomas Fibrosis Quistica CFTR 15 hits 14http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/map_search.cgi?taxid=9615&query=CFTR&qchr=3. Ejercicio de Genomes. Uso de GENOME-NCBI En la seccin de GENOMES del sitio NCBI seleccione la liga Browse genomes y haga una tabla que contenga 3 genomas de cada uno de los siguientes organismos: Nombre Tamao genoma (Mb) No. de cromosomas No. de genes Virus bacterias Protozoarios Plantas Mamferos (no humanos) Primates Humano 4.-Ejercicio de Genbank tipos de secuencias reportadas ( DNAs, cDNAs y secuencias de aminocidos) STS (UniSTS) y ESTs (dbEST) mRNA , nmero de exones, sitio de corte de intrones. Determinacin del codn de inicio, codn de trmino ayuste alternativo, protenas variantes, ORF finding, SNPs. Sitios de modificacin de la protena. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000011.9?strand=2&report=genbank&from=5246694&to=5250625

5.-Alinbeamientos de secuencias. Uso de BLAST. Tipos o variantes de BLAST, alineamientos de secuencias de nucletidos (BLASTn) y de secuencias de aa (BLASTp). Analizar los parmetros del alineamiento como (score, valor E, identidad y similitud y gap penalty. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

6.-Homlogos, MSA (MUSCLE, COBALT, CLUSTALW).Arboles filogenticos. Dominios y motivos del gen asignado. 6.- Variantes gnicas: SNPs (dbSNPs) y CNVs 8.- Determinar la relacin de cambios en la secuencia del gen y presencia de enfermedad . Uso de OMIN

9.-GEN asignado: Se les mandar una lista de genes (uno para cada alumno) y reportarn la siguiente informacin: a) Nombre oficial del gen y alias Nonmbre oficial : MBP ID Entrez Gene :4155 ID Ensembl : ENSG00000197971 Aliases Myelin Basic Protein1 2 Myelin A1 Protein2 3 Myelin Membrane Encephalitogenic Protein2 3Nombre corto: MBP Nombres alternativos:Myelin A1 protein ,Myelin Membrane Encephalitogenic ProteinNombre de genes: MBP Organismo: Homo sapiens (Humano) b) Contexto genmico: Localizacin del gen 18q23 en que cromosoma se encuentra Cromosoma 18 de qu cadena se transcribe Cadena - cules son sus genes vecinos: Algunos de los genes vecinos se encuentran en la siguiente captura de pantalla esto se consiguio al entrar en GenCards --> Genomic Views y seleccionar GeneLoc location for GC18M074690: view genomic region.Se pueden apreciar algunos genes vecino , la mayora de ellos se encuentran en la cadena negativa , entre ellos destaca GALRI exon structure el cual es receptor 1 de Galina.

Otros genes vecinos tambin se pueden apreciar con Map viewerc) Secuencia genmica y su ID (solo reporte el tamao, no muestre la secuencia, puede ser muy grande!) La secuencia genomica se encuentra en :LOCUS NC_000018 154857 bp DNA linear CON 13-AUG-2013 DEFINITION Homo sapiens chromosome 18, GRCh37.p13 Primary Assembly. ACCESSION NC_000018 REGION: complement(74690783..74845639) GPC_000000042 GENE gene 866..154851 /gene="MBP" /note="myelin basic protein; GeneID:4155" /db_xref="HGNC:HGNC:6925" /db_xref="HPRD:01158" /db_xref="MIM:159430" Ensembl version ID : ENSG00000197971 .Este mapa del gen va de 74,690,783-74,845,639 en GRCh37.La manera ms sencilla de buscar esta informacin fue en GeneCards en el apartado de Genomic Views ; pero para confirmar se uso el NCBI en concreto Entrez y despus Ensembl.Las bases de datos empleadas presentan la misma informacin ,pero en lo personal ENSEMBL tiene ms estructura, y GeneCards es el ms sencillo de entender.

MBP myelin basic protein [ Homo sapiens (human) ] Gene ID: 4155, updated on 8-Feb-2015 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=4155d) Secuencia de cDNA y su ID (reporte el tamao y caractersticas importantes, no imprima toda la secuencia!). 154876 bp DNA linear LOCUS NC_000018.10 e) Procesamiento post-transcripcional. Tamao del mRNA, (cDNA ID) Nmero y tamao de exones, explicar si existe ayuste alternativo (nmero de variantes). En caso de que lo hay, reportar el nmero de variantes y su protena respectiva. NOTA: En caso de ayuste alternativo solo muestre los datos de una variante! MBP presenta seis isoformas , producidas por ayuste alternativo.NCBI Reference Sequences (RefSeq)mRNA ID : NM_001025081.1 Isoforma 1 : Golli-Mbp1, HOG7Se analizaran el tamao de los exones a esta isoforma En Gen Bank LOCUS NM_001025081 2300 bp mRNA linear PRI 19-APR-2014 DEFINITION Homo sapiens myelin basic protein (MBP), transcript variant 1, mRNA. ACCESSION NM_001025081 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Homo sapiens (human) ORGANISM Homo sapiens Primer exon est en posicin 1..268 267 pbSTS 63..708 CDS 92..685 /gene="MBP" exon 269..346 /gene="MBP 77 pbexon 347..451 104 pb exon 452..487 /gene="MBP" 35 pbexon 488..520 /gene="MBP 32 pbexon 521..640 /gene="MBP" 119 pbexon 641..2279 /gene="MBP" 1638 pb STS 717..1596 /gene="MBP" STS 750..1084 /gene="MBP" STS 1833..2135 /gene="MBP" STS 1877..2051 /gene="MBP" STS 1882..2048 /gene="MBP" STS 2031..2233 /gene="MBP" STS 2031..2126 /gene="MBP" STS 2132..2255 /gene="MBP" regulatory 2254..2259 /gene="MBP regulatory 2262..2267 polyA_site 2279 /gene="MBP" Tambin se puede ver qu existen muchos STS , que sirven para PONER LO DE BENITA !! PRESENTACIN, La nica CDS , empieza en 92 y termina en 685 , por lo que el codn de inicio para la traduccon se encuentra 92 pb despus del primer exn , y el cdon de termino se encuentra 1594 pb antes que termine el ltimo exn que es 2279 , en est sitio est la cola de pol- que hace referencia a modificaciones transcripcionales en el extremo 3que refieren a un mRNA maduro.OTRAS ISOFORMAS SON:

NM_001025100.1 Isoforma 2 ,Tambin conocido como: Golli-MBP2, HOG5NM_001025090.1 Isoforma 3 , conocida como : MBP1, 21.5 kDaNM_001025092.1 Isoforma 4 , conocida como : MBP2, 20.2 kDaNM_001025101.1 Isoforma 5 , conocida como MBP3, 18.5 kDaNM_002385.2 Isoforma 6 , MBP4, 17.2 kDa

f) Secuencia de la protena codificada por el gen asignado, con su ID. Caractersticas generales de la protena (tamao en aa, PM, PI, etc).Isoforma 1 , Protena : NP_001020252.1 : Golli-Mbp1, HOG7NP_001020271.1 Isoforma 2 ,Tambin conocido como: Golli-MBP2, HOG5NP_001020261.1 Isoforma 3 , conocida como : MBP1, 21.5 kDaNP_001020263.1 Isoforma 4 , conocida como : MBP2, 20.2 kDaNP_001020272.1 Isoforma 5 , conocida como MBP3, 18.5 kDaNP_002376.1 Isoforma 6 , MBP4, 17.2 kDaLa mielina protena bsica MBP . Tamao: 304 aminocidos; 33117 DaSubunit Homodmero. Isoforma 3 existe como una etapa comienza abruptamente en 14-16 semanas de edad fetos. Incluso isoformas ms pequeos parecen producirse durante la embriognesis; Algunos de estos persistir en el adulto. Isoforma 4 expresin es ms evidente a los 16 semanas y su proporcin relativa disminuye posteriormente

g) Analizar la secuencia de protena y reportar si existe procesamiento post-traduccional (al analizar la secuencia indique si hay sitios de modificacin como por ejemplo; pptido seal, sitio de fosforilacin, glucosilacin, etc).Isoforma 1 , Protena : NP_001020252.1 : Golli-Mbp1, HOG7Se evaluar esta isoforma de la protena MBP.LOCUS NP_001020252 197 aa linear PRI 19-APR-2014 DEFINITION myelin basic protein isoform 1 [Homo sapiens]. ACCESSION NP_001020252 Protein 1..197 /product="myelin basic protein isoform 1" /note="Golli-MBP; myelin A1 protein; myelin membrane encephalitogenic protein" Region 16..153 /region_name="Myelin_MBP" CDS 1..197 /gene="MBP" /coded_by="NM_001025081.1:92..685" ORIGIN 1 masqkrpsqr hgskylatas tmdharhgfl prhrdtgild sigrffggdr gapkrgsgkv 61 pwlkpgrspl psharsqpgl cnmykdshhp artahygslp qkshgrtqde npvvhffkni 121 vtprtpppsq gkgrglslsr fswgaegqrp gfgyggrasd yksahkgfkg vdaqgtlski181 fklggrdsrs gspmarr En el grfico se alcanzan a apreciar 15 sitios de fosforilacin y uno de metilacin.

Modificaciones postraduccionales: Varios ismeros de carga de MBP1 (el ms catinico, menos modificado, y la forma ms abundante), C2, C3, C4, C5, C6,C7, C8 y C8-A-B (la forma menos catinico); se producen como resultado de la PTM opcional, tales como fosforilacin,desamidacin de glutamina o asparagina, arginina y citrullination metilacin. C8-A y C8-B contienen cada dos isoformas de masas denominado C8-A (H), C8-A (L), C8-B (H) y C8-B (L), (H) de pie para una mayor y (L) para la parte inferior molecular de peso. C3, C4 y C5 son fosforiladas. La alanina N-terminal est acetilado (isoforma 3, isoforma 4, 5 y isoforma isoforma 6) 1 Arg-241 se encontr que era 6% monometilado y 60% simtricamente dimethylated1

h) Reportar al menos una STS que nos permita identificar el gen. Reporte el ID de la STS, su localizacin, los primers y el tamao y secuencia del fragmento amplificado.LOCUS NM_001025081 2300 bp mRNA linear PRI 19-APR-2014 DEFINITION Homo sapiens myelin basic protein (MBP), transcript variant 1, mRNA. ACCESSION NM_001025081 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Homo sapiens (human) ORGANISM Homo sapiens En la isoforma 1 se encuentra un STS a 63 ...708 , con un tamao de 645pbID: STS probe UniSTS:483755Sequences>Probe|31813198|PRIMERF Forward PCR primer (outermost) (20b) GTGCAGCCACCTCCGAGAGC >Probe|31813198|PRIMERR Reverse PCR primer (outermost) (20b) GGATTCCGGAACCAGGTGGGEn los nucleotidos de transcrito aparece marcada la regin :

PONER PRESENTACIN DE BENITA STS

i) Con la secuencia de aminocidos de la protena busque los homlogos reportados (Homologene). Reporte resultados como un MSA o con la figura del rbol filogentico.

Este rbol filogentico , esta basado en comparacin de secuencia de aa y bases , para ver la identidad relacionada a la homologa.De aucerdo a la figura --- , somos ms parecidos al gorilla con respecto a la protena MBP isoforma 1.Se pueden observar varios nodos de especiacin , los cuales indican la especiacin o la formacin de nuevas especies, se puede considerar como el proceso evolutivo por el que algunas poblaciones de una especie se diferencian estableciendo barreras de flujo gentico consecuencia del desarrollo de mecanismos de aislamiento reproductivo.

j) Identificar los tipos de motivos y dominios reportados en la protena, use CDART. Anexe figura

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd_help.shtml#CDWhatIllustration

Un motivo es un elemento conservado en la secuencia de aminocidos, que habitualmente se asocia con una funcin concreta. Los motivos se generan a partir de alineamientos mltiples de regiones con elementos funcionales o estructurales conocidos, por lo que son tiles para predecir la existencia de esos mismos elementos en otras protenas de funcin y estructura desconocida.Un dominio es un trmino ms genrico que designa una regin de una protena con inters biolgico funcional o estructural. Tambin se llama dominio a una regin de la estructura tridimensional de una protena con una funcin concreta, que incluye regiones no necesariamente contiguas en la secuencia de aminocidos.

k) Reportar el interactoma o Reactoma: Indicar con que productos gnicos interacta su protena.MBP interacta con MAPK1. Esta interaccin se inspir en una interaccin demostrada entre MBP de una especie no especificados, y el mono y MAPK1 ratn. NP_002376.1 NP_002728.1PKC-alfa fosforila e interacta con MBP. Esta interaccin fue modelado en una interaccin demostrada entre PKC-alfa y MBP, tanto a partir de especies no especificados. NP_002376.1PKC-delta fosforila e interacta con MBP. Esta interaccin se inspir en una interaccin demostrada entre PKC-delta y MBP, tanto de especies no especificadas. NP_002376.1 NP_002731.3PKC-lambda fosforila e interacta con MBP. Esta interaccin se inspir en una interaccin demostrada entre PKC-lambda y MBP, tanto de especies no especificadas. NP_002376.1 NP_002735.3PKC-zeta fosforila e interacta con MBP. Esta interaccin se inspir en una interaccin demostrada entre PKC-zeta y MBP, tanto de especies no especificadas. NP_002376.1 NP_005397.1ROCK1 (ROCK) interacta con y fosforila MBP. NP_002376.1 NP_004841.2 ROCK2ROCK2 (ROCK) interacta con y fosforila MBP. NP_002376.NS3 interacta con MBP. Esta interaccin se inspir en una interaccin demostrada entre HCV NS3 y MBP de una especie no especificados.

l) Patrn de expresin. En qu tejidos se expresa principalmente? Solo mencione los tejidos de mayor expresin

Isoformas de MBP se encuentran tanto en la central y el sistema nervioso perifrico.Mientras que las isoformas Golli -MBP se expresan en el timo fetal , bazo y la mdula espinal , as como en lneas celulares derivadas de la publicacin sistema inmune.

m) Relacionar alteraciones de la protena y la presencia de enfermedad. Use dbSNPs y OMIM o MALA cards. En este punto, la informacin puede ser variada y en algunos casos extensa. Solo reporte lo ms importante (mximo 10 renglones).Esclerosis mltiple , tambin conocida como MS.Un gen importante asociado a la esclerosis mltiple es IL17A ( 17A interleucina ) , y entre sus vas relacionadas son citoquinas y la respuesta inflamatoria y de citoquinas. La ciclofosfamida y hidroxocobalamina medicamentos y los compuestos compstatin pptido de control y NDT . Tejidos afiliadas incluyen las clulas T , el cerebro y la mdula espinal , y fenotipos ratn relacionados son sistema hematopoytico y sistema inmunitario .Genes relacionados con esclerosis mltiple:

Related DiseaseScoreTop Affiliating Genes

relapsing-remitting multiple sclerosis32.6MBP, IFNB1

optic neuritis32.0MBP, IFNB1

neuromyelitis optica32.0IFNB1, MBP

n) Comentarios finales (mximo 10 renglones!).http://www.ensembl.org/Multi/Search/Results?q=MBP;site=ensembl http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Compara_Tree?g=ENSG00000197971;r=18:76978827-77133683http://www.malacards.org/card/multiple_sclerosis?search=MBPhttp://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Variation_Gene/Table?collapse=none;db=core;g=ENSG00000197971;r=18:76978827-77133683http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=MBP&search=83152927692cdd03d2f5aabc1971646c#pathways_sourcehttp://www.proteinatlas.org/ENSG00000197971-MBP/subcellularhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/lexington/lexington.cgihttp://www.omim.org/search?index=entry&sort=score+desc%2C+prefix_sort+desc&start=1&limit=10&search=MBPhttp://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Splice?collapse=none;db=core;g=ENSG00000197971;r=18:76978827-77133683http://genecards.weizmann.ac.il/geneloc-bin/display_map.pl?chr_nr=18&range_type=gc_id&gc_id=GC18M074690&contig=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=4155http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/map_search.cgi?taxid=9606&query=MBPhttp://www.genenames.org/cgi-bin/gene_symbol_report?hgnc_id=HGNC:6925http://www.informatics.jax.org/homology/1788

COMENTARIO:Para buscar esto entre en UniProtKB/Swiss-Prot ,DESPUS DE LEER Y OPRIMIR UNA GRAN CANTIDAD DE ENLACES ENCONTRE LO QUE NECESITABA Se describira la primera http://www.uniprot.org/uniprot/P02686#section_seq