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Assemblée Générale

2 Décembre 2016

LabEx COTE

http://cote.labex.u-bordeaux.fr/

02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance2

Bilan 2016


Bilan (Claire Gouny et Adrien Pourtier)

Discussion

Projets de recherche :

➔ Projet LIPID (François Delmas)

➔ Projet URBEST (Denis Salles)

Chaire ETI

Pause Café

Thèses :

➔ Loris Dermendjian (CNP Leyre)

➔ Nathalie Coquillé (IMPACT)

➔ Thomas Fort (Flux.com)

Transfert :

➔ Projet AGROLIBS (Anne Budynek)

➔ Projet PARASOL (Jérémy Lobry)

Discussion boite à idées

Buffet

Bilan : Gouvernance

18 Comités de direction

5 Comités de pilotage

5ème Conseil scientifique en début d’année 2017

4ème Comité des tutelles en début de l’année 2017

Elargissement en cours / Rattachement de nouvelles équipes

Consolidation de la Chaire ETI



Bilan : Recherche

17 projets soumis à l’Appel à Projets de Recherche 2016. L’appel était ouvert avec

des priorités élargies et deux formats différents.

2 nouveaux post-doctorants dans la chaire ETI (Alix Sauve & Yohan Sahraoui)

Deux processus de montage de projets « bottom up » enclenchés sur des sujets

validés par le Conseil Scientifique :

• Transition écologique et adaptation

• Rétroaction climat - forêt

Une proposition de projet « bottom up » en construction suite à un séminaire COTE :

• Océan

3 Séminaires de recherche :

• Océan (Juillet)

• Analyses multivariées pour la biodiversité (Septembre)

• Transition écologique et adaptation (Octobre)

Inter-LabEx avec Siric-Brio : CANEPA (Interface santé-environnement)

Effet d’entrainement projet URBEST avec le Centre Emile Durkheim et l’ENSEGID

Bilan : Plateformes

➔ 3 Appels à Projets, sans limite de dates de soumission :

› propositions évaluées par le Comité de Direction au fil de

l’eau

› Plateformes d’Observation: 4 projets soutenus, relance

en décembre 2016

› Plateformes d’Analyse : lancement en septembre 2016

› Plateformes d’Expérimentation: lancement en décembre

2016


Bilan : colloques et communications

Appel d’Offre Colloques internationaux (AO 2016)

• 7 propositions reçues, 7 financements accordés

Outils de communication

• 6 newsletters

• Site Web mis à jour quotidiennement

• 1 nouvelle plaquette « Actions COTE 2016 »

• 1 kakémono COTE (disponible pour vos événements soutenus par le LabEx

en anglais et en français)

• Et toujours la plaquette COTE disponible en anglais et en français

Evènements

• Participation à la Nuit européenne des chercheurs

• Pale Blue Dot à Cap Sciences dans le cadre de la Fête de la science 2016

• Participation aux rencontres du cycle « Science et Développement

durable » de la Maison Ecocitoyenne de Bordeaux


Bilan : Formation et enseignement

➔ Bourses M2➔ 15 bourses de master attribuées aux unités partenaires de

COTE.

➔ LabEx Day (journée des doctorants et post

doctorants de COTE) : 19 juillet➔ Une 40aine de participants

➔ Bourses de mobilités internationales➔ 12 bourses de mobilité (jusqu’à 3 000 €) distribuées en 2016

(10 sortantes et 2 entrantes)

➔ Firenze (Italie) / Trois Rivières, Montreal (Québec) /

Copenhagen (Danemark) / Adelaide (Australie) / Texas (USA)

/ Neufchatel, Dubendorf (Suisse) / Jaca (Espagne) / Ulster

(Irlande)…

➔ Ecole d’été 2016 – « Ecology and society:

biodiversity and global change »➔ 22 doctorants sur 120 postulants – 18 pays / 19 nationalités

➔ 1 semaine

➔ 2 doctorants de la communauté COTE

➔ 22 intervenants dont 8 intervenants externes

➔ 1 projet Formation : « Deuxième rencontre

université entreprises en écotoxicologie et chimie

de l’environnement » (Nathalie Geneste)02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance8

Bilan : Relations Internationales

➔ Discussion en cours avec l’INRS (Canada) pour aller vers une

bidiplomation pour le master EXCE (Nathalie Geneste et Agnès Feurtet-

Mazel)

➔ Deuxième workshop « En torno al agua » avec l’université de

Guanajuato (Mexique) du 1er au 7 juin 2016

➔ Rencontre avec nos partenaires d’Euskampus le 20 juillet 2016

➔ Workshop avec le Water Institute de l’université de Waterloo (Canada)

les 24 et 25 octobre 2016

➔ Délégation des agences d’Etat de financement de la recherche au

Brésil, présentation du volet aquatique du LabEx COTE (18 novembre

2016)


Bilan : Transfert & valorisation

➔ Ingénieurs transfert

➔ Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques dans les eaux du Bassin

d’Arcachon – phase 2 – (EPOC, Ifremer/SIBA)

➔ DYLAC Dynamiques écologiques des lacs du littoral aquitain – Analyses et

synthèse des données environnementales et biologiques passées et

actuelles - (Irstea et Agence de l’eau – démarrage fin 2016)

➔ Mise en place d’une plateforme collaborative pour le suivi à distance

d’expérimentations au champ dans les lycées agricoles ou chez des

agriculteurs (ISPA et ACTA – démarrage début 2017)

➔ Stages transfert

➔ 3 stages en 2016 dont un a donné lieu au dépôt d’un projet ingénieur

transfert



➔ Projets transfert➔ Agrolibs – LIBS, analyse multi-élémentaires, plantes, sol, optimisation de matériel

d’instrumentation…(ISPA / CELIA / Entreprise IVEA)

➔ Flavsat – Détection texturale des foyers de flavescence dorée (SAVE / IMS / Telespazio / GDON

des Graves et du Sauternais)

➔ Redphynnov – La réduction des intrants phytosanisataires en viticulture : quels sont les freins ?

Quelles sont les opportunités pour les acteurs de la Région APLC (GREThA / ISVV / Inno’Vin)

➔ Evènement « La grande Alose, un symbole menacé ? » (Irstea / AAPPED Gironde / Cap

Sciences) – le 3 décembre 2016 à partir de 10 h 30 à Cap Sciences

➔ Ineg’eaux – A la recherche des inég-eaux… une aventure ! – inégalités sociales, eau potable,

conférence gesticulée, éducation populaire… (Irstea / Coopérative du vent debout) (démarrage en

2017)

➔ La biologie moléculaire au service de la surveillance aérobiologique (BioGeCo / Réseau National

de Surveillance Aérobiologique) (démarrage fin 2016 début 2017)

➔ IDEA – PerF-IDEA4pro : la méthode de diagnostic IDEAv4 pour évaluer la performance globale

d’une exploitation agricole (Irstea / BSA / Bergerie nationale / Asso. Centre Ecodéveloppement/

SCE en Environnement et Aménagement / Eau du Bassin Rennais (syndicat)) (démarrage en

2017)



➔ Collaboration avec l’Agence Régionale de la

Biodiversité en Aquitaine (ARBA) autour du

séminaire « Agir pour le patrimoine naturel : des

contraintes aux opportunités pour les territoires

aquitains » le 15 novembre 2016 à l’hôtel de région

➔ Forum d’acteurs en mai 2017 sur la thématique

des pesticides


Bilan / perspectives


➔ IdEx Bordeaux pérennisé (Juin 2016)

3 des 8 IdEx de la première vague ont été pérennisés, 2 ont été

stoppés, 3 sont en période probatoire.

➔ Un séminaire à l’été 2017 pour construire ensemble le futur de la

communauté COTE

- Projet LIPID -

Utilisation des lipides cellulaires comme

indicateurs de pollution dans les milieux naturels

Diagnostic intégré d’écotoxicité basé sur des végétaux terrestres

et les diatomées des milieux aquatiques

LabEx COTE Assemblée Générale 2016

François DELMAS (Irstea / UR EABX)

Projet LIPID (accepté décembre 2015)

Lipids as Indicators of Pollution In Diatoms :

Towards an integrated toxicity framework for aquatic and terrestrial plants

- Irstea-Carma

- EPOC-EA

- LBM-LEB

Participants :

Objectifs LabEx : Croisement systèmes, partenariats, sites-ateliers…

Site-atelier : Système fluvio-estuarien de la Gironde, BV viticole de Marcillac (33)

Montant subvention : 186 K€

(dont alloc. thèse de 96 K€) Priorités LabEx Cote :

Biodiversité locale

Zones humides

Transferts et flux entre écosystèmes

Composition des communautés multispécifiques

+ Pas assez sensible (micropolluants toxiques)

+ Spécificité difficile à cerner par rapport aux effets (substances ; espèces)

En cas de pré-exposition des milieux :

+ sélection-adaptation vers une plus grande tolérance, PICT… (Pesce et al, 2010)

+ … y compris pour taxons réputés sensibles (tolérance X 7, Roubeix et al, 2012)

Bio-indication phytocénotique (type IBD)

Signification de la composition des communautés / toxiques difficile à décrypter…

ETAT ACTUEL DE LA CONNAISSANCE SUR DIATOMEES & TOXIQUES (1)

2 Décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTE

Descripteurs de toxicité :

Débats liés à la transcriptomique :

+ Temps de réaction variable

+ Possibilité de régulations post-transcriptomiques…

ETAT ACTUEL DE LA CONNAISSANCE SUR DIATOMEES & TOXIQUES (2)


Le lipidome des diatomées permet-il un diagnostic suffisamment

spécifique, précoce et sensible des altérations toxiques ?

Plus à l’aval dans les processus de réponse cellulaire, est-il intéressant (i.e.

plus représentatif du niveau réel d’effet toxique subi et plus stable) par

rapport à d’autres descripteurs ? cf transcriptomique …

Peut-on remonter aux molécules plus précises marquant les profils et aux

mécanismes sous-jacents d’effet toxique ?

Résultats exploratoires acétochlore (2012)

QUESTIONNEMENT SCIENTIFIQUE


SFA

HUFA

BV expérimental viticole de Phytocote (Marcillac, 33)

MARCILLAC

2 décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTE

OBJECTIFS DU PROJET LIPID :

2 décembre 2016

Identification et compréhension de réponses lipidiques d’organismes

phototrophes aux effets toxiques

Développement de biomarqueur(s ) lipidique(s) d’impact toxique,

comparaison de performance par rapport à d’autres descripteurs et

biomarqueurs

Utilisation pour le diagnostic des effets toxiques de la pollution

agricole des milieux naturels par les pesticides… :

+ sur milieux terrestres (végétaux supérieurs)

+ sur milieux aquatiques (diatomées benthiques)

… sur l’exemple du BV viticole de Marcillac (33)

… au moyen d’approches expérimentales de diagnostic :

+ de laboratoire (expositions contrôlées)

+ in situ (plus grande complexité)

Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTE

Th

Impact toxique

milieu terrestre

Végétaux supérieurs

Impact toxique

milieu aquatique

Diatomées benthiques

LIPID

Tests ex-situ

(Lactuca sp)

Tests in situ

(Vx. naturels)

Validation biomarqueur

lipidomique sur diatomées

Infos sur les pratiques,

contamination milieux

PHYTOCOTE

Relations exposition-effet

ex-situ (Cond. Exp. Labo)

Evaluation effets

in situ

Dispositif

encagement

Comparaison réponses lipidiques

/ autres réponses

AXE 2 LIPID

(labo)

AXE 1 LIPID

(in situ)

Thèse LIPID

Organisation du projet LIPID

Eléments complémentaires

2 décembre 2016

1 thèse démarre au 01-01-2017 (Floriane DEMAILLY),

sur applications uniquement aquatiques (labo & in situ)

Niveau d’organisation biologique –cible visé : la population (taxons

diatomiques, végétaux supérieurs terrestres)

Je vous remercie de votre attention !

Substances phytosanitaires envisagées :

- 2 métaux : 1 essentiel (Cu), 1 non essentiel…)

- 3 pesticides de familles différentes, visant des mécanismes

cellulaires différents (inhibiteurs de photosystèmes, élongases,

métabolisme des amino-acides, …).

Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTE

Etude des réponses :

- Spécificité : effet substance, gamme de sensibilité de taxons

- Effet-dose (substance unique, combinaisons…)

- Influence de facteurs environnementaux (ex : T°) sur les réponses

URBESTLa gouvernance adaptative des métropoles

estuariennes face aux changements globaux

Bordeaux Métropole et l’estuaire de la Gironde

AG LabEx COTE

2 Décembre 2016

23

Enjeux et contexte URBEST

➔ Attractivité/vulnérabilité des métropoles estuariennes face aux

changements globaux

› Changement climatique, Métropolisation, Mobilité, Pression sur les

ressources, Risques Contamination, Vulnérabilité aux évènements

extrêmes

➔ Renforcement des interdépendances territoriales ville / territoires

estuariens

› Risques environnementaux et sanitaires, disponibilité ressources,

protection biodiversité, mobilité, conflits territoriaux

Questionnement général

➔ Quelle gouvernance des interdépendances territoriales?

› En quoi l’adaptation aux changements globaux transforme-t-elle la

planification urbaine, l’usage des sols et des ressources

naturelles, la gouvernance des risques ?

➔ Quels savoirs mobilisés

› Savoirs scientifiques, experts, d’usage, approches intégratives,

sciences participatives….

➔ Vers une « gouvernance adaptative » ?

› Construction des problèmes publics, instruments, référentiels

d’aménagement (nature based solution)

Changements d’échelle et des périmètres d’action

6 décembre 2016 Titre de votre présentation26

Vers une gouvernance adaptative multiniveaux

- Différentes circonscriptions politiques (communes, métropole, département, région…)

- De nouvelles compétences décentralisées (MATPAM, NOTRE, Gemapi…)

- Des exigences de plus de participation citoyenne

Des hypothèses de travail

➔ 1 –Recomposition géopolitique

• Territorialisation des politiques publiques: Loi NOTRE, Loi MATPAM,

• Regain des conflits territoriaux urbains/ruraux

➔ 2- Processus de “Mise en visibilité” des problèmes publics

• Mise en visibilité du CC: – Savoirs scientifiques (modélisation) / Maîtrise d’usage / savoirs experts….

– Mise en récits, couverture médiatique,

➔ 3- Jeux d’influence et stratégies d’acteurs pour la gouvernance

des changements globaux

Consortium pluridisciplinaire URBEST

➔ Unités Labex COTE

➔ IRSTEA ETBX / Equipe EADT / Thèse sociologie Charles de

Godoy Leski / Stage économie

➔ IRSTEA EABX FEE / Stage écologie aquatique

➔ EPOC UMR CNRS 5005. / Stage écologie aquatique

➔ Unités hors Labex COTE / Effet d’entrainement IDEX

➔ Centre Emile Durkheim UMR CNRS 5116, Science Po Bordeaux

/ Post doc Science Politique

➔ ENSEGID EA4592 Géoressources et Environnement / Post doc

Hydrogéologie

Trois études de cas :

➔ Gouvernance des risques d’inondation et de submersion marine

➔ Gouvernance de la biodiversité de Bordeaux Métropole et de

l’estuaire de la Gironde

➔ Gouvernance de l’approvisionnement en eau potable de Bordeaux

Métropole pour 2030


Cas d’étude n°1 : Gouverner les risques d’inondation

et de submersion marine

➔ Identifier l’existence éventuelle de changements paradigmatiques dans la gestion des risques d’ inondations et de submersion marine par rapport aux modèles traditionnels d’appréhension des incertitudes environnementales.

➔ L’adaptation au changement climatique reconfigure-t-elle la planification urbaine ?

Approche sociologique (PhD)

Entrée analytique par les instruments d’action

publique: création et implémentation du PAPI

Estuaire Gironde et Réforme GEMAPI (Loi

MAPTAM)

Analyse des interdépendances cognitive et

stratégique estuaire- urbain-rural

Volet économie

➔ Stage 1: Analyse exploratoire des stratégies foncières comme

composante des interdépendances territoriales

L’approche de l’économie spatiale

› Marché foncier et stratégies foncières de Bordeaux Métropole et des collectivités

(communes/interco) des zones estuariennes

• Analyse quantitative SAFER and DVF (demande de valeur foncière)

propriétaires

• Données SAFER (Société d’Aménagement Foncier et d’Etablissement rural)

issues des actes notariés recueillis par la SAFER lorsque qu’un site fait l’objet

d’une transaction

J Dachary Bernard : IRSTEA ETBX

Cas d’étude N° 2: Préservation de la biodiversité de

Bordeaux Métropole et de l’estuaire de la Gironde

Quelle est l’évolution de la politique de Bordeaux Métropole de conservation de la

biodiversité pour l’aire métropolitaine et l’estuaire de la Gironde?


Le programme 55000ha pour la

nature et les effets de la

territorialisation des politiques

publiques (processus de

décentralisation et de transfert de

compétences)

Volet écologie

➔ Stage 2 : Etat de l’art à l’échelle des pratiques innovante en matière

de restauration de biodiversité aquatique ?

› évaluation et retours d’expériences d’ingénierie écologique et

nature based solution

➔ Stage 3 : Estimation des potentialités de restauration dans BxM et

estuaire Gironde (restauration habitats dans les zones d’expansion de

crues, zones humides …)

Stages de recherche 2 & 3: Biodiversité estuarienne et actions entre forçages hydro-

climatiques et forçages urbains locaux

Ecologie : EPOC-B Sautour.

Ecologie estuarienne / IRSTEA EABX-M Lepage, J Lobry, P Boët, A Lechêne /

Cas d’étude n°3

Gouverner par l’approvisionnement en eau potable: la stratégie de

Bordeaux Métropole pour 2030

➔ Quelles stratégies de sécurisation de l’approvisionnement en eau potable

pour Bordeaux Métropole « millionnaire » en 2030?


Zoom sur le projet pilote

d’approvisionnement en

eau potable (Captage des

Landes du Médoc)

Etude d’une controverse

scientifique et politique

locale à propos des

impacts aménagistes sur

les activités forestières

Approche hydrogéologique

➔ Le Post-doc examinera les différents aspects hydrogéologiques qui

caractérisent les champs captants Landes du Médoc

› Caractériser les relations de dépendance entre une captation en nappe

profonde et leurs impacts sur la surface ( à croiser avec les dimensions

sociales de ces effets potentiels)

› Décrire les verrous sociaux et scientifiques qui agissent sur le

mécanisme compensatoire selon des perspectives hydrogéologique et

économique.

Les impacts indirects du captage en nappe profonde sur l’interface sol dans le

contexte d’adaptation aux changements globaux

Postdoctorat ENSEGID (Idex Bordeaux)

ENSEGID EA G&E/ Alain Dupuy

3. Méthodologies

➔ Thèse de sociologie (Années1-2-3),

› -Observation In itinere et analyse des négociations entre 2016 et 2018

› -Observation des réunions publiques, des ateliers de travail, et de la clôture des

négociations (comités de pilotages, réunions d’experts, etc.).

› - Entretiens semi-directifs (Années 1 et 2): 90 (30 entretiens par cas d’étude).

➔ Interdisciplinarité / Consillience

› Anticipation, Scénarios, prospective

➔ -Séminaires science/société

➔ Transfert / Valorisation

› Art et science, design…

URBESTLa gouvernance adaptative des métropoles

estuariennes face aux changements globaux

Bordeaux Métropole et l’estuaire de la Gironde

AG LabEx COTE

2 Décembre 2016

38

Chaire Ecologie Théorique

Intégrative (ETI)Barraquand F., Carassou L.

Aluome C., Picoche, C.

Sahraoui Y., Sauve A.


Historique, composition chaire ETI

2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance

Chercheurs

• Frédéric Barraquandécologie quantitative

• Laure Carassouécologie des communautés

Ingénieurs

• Coralie Picochecalcul scientifique

• Christelle Aluomebase de données

Postdoctorants

• Alix Sauve réseaux d’interactions

• Yohan Sahraoui géographie, écologie du paysage

> Octobre 2016> Octobre 2015

Merci B2


1. Interactions écologiques

et dynamique des écosystèmesModélisation théorique

Statistiques sur séries temporelles

Connectivité et réseaux

2. Biodiversité fonctionnelle

et pressions anthropiquesAnalyses spatiales et multivariées

Caractérisation fine des pressions anthropiques

(SHS, chimie de l’environnement…)

• Géocatalogue de métadonnées

• Réseaux scientifiques et animations

Thématiques de recherche/activités

Mise en place d’un géocatalogue de métadonnées


Métadonnées : Ensemble de champs servant à définir ou

décrire une donnée.

Objectifs : constituer un catalogue de métadonnées sur les

deux « sites Atelier » pour l'ensemble des disciplines

d’intérêt : forêt, agricultures, sols, biodiversité, économie,

sciences humaines et sociales, ...

Apport du catalogue :

- centraliser les métadonnées en un seul endroit.

- meilleure visibilité des projets et données acquises

- faciliter les recherches pour les projets interdisciplinaires.

- localiser les contacts dans les unités.

- savoir où les données ont été acquises.

- être redirigé vers les sites des producteurs de données.

- accéder à des documents scientifiques ou techniques

(protocoles, thèses,...).

→ les métadonnées des futurs projets du LabEx

COTE alimenteront le portail.

https://data.cote.labex.u-bordeaux.fr/catalogue/public/



- Description des sites ateliers

- Accès au métadonnées

- Manuel d’utilisation

- Procédure d’insertion de métadonnées



Quoi, Qui, Quand & Où ?

Recherche par :

- Mots-clés libre ou

menu-déroulant

- Par emprise géographique

- Par emprise temporelle

Où ?

Description du jeu de données.

Localisation géographique.

Dates d’acquisition

Contact

Droits d’utilisation

En recherche de contribution ! Si vous voulez participer : [email protected]

mailto:[email protected]

Réseaux et animations : récap 2016


• Ecole d’été COTE, séminaires divers

• ‘Analyses Multivariées pour la Biodiversité: modèles et outils’Axe MIAB UMR Biogeco (Alain Franc et al.) – chaire ETI; 9 septembre 2016

Programme et présentations disponibles sur demande

• Networking local : >36 meetings COTE, IMB, LabEx

• Networking national : GDR Ecologie statistique, GDR Théorie et

Modélisation de la Biodiversité, Société Française d’Ecologie

• Collaborations internationales

SAIAB, Rhodes University, SQU, U Tromsoe, SLU, U Laval, …

• Liens forts avec partenaires « non-académiques »

Interactions et dynamique des écosystèmes


• Modélisation dynamique

1. Populations fortement fluctuantes- Barraquand F et al. - Moving forward in circles: challenges and opportunities

in modeling population cycles. Revised for Ecology Letters

- Toigo et al. Geographical variation in climate drivers of a forest pest population dynamics, in prep.

2. Inférence des effets biotiques vs abiotiques. Théorie et phytoplankton.- Certain G, Barraquand F & Gardmark A. How far can we go with MAR? Approximating and predicting community dynamics,

Methods in ecology and evolution, submitted

3. Modélisation théorique : projet Labex NAVIRE + Postdoc Alix

• Couplages entre écosystèmes ou habitats différents

1. Travaux empiriques (pour l’instant) - Carassou L, Whitfield AK, Bergamino L, Moyo S, Richoux NB (2016) Trophic dynamics of the Cape stumpnose (Rhabdosargus

holubi, Sparidae) across three adjacent aquatic habitats. Estuaries and Coasts, 39: 1221-1233

- Carassou L, Whitfield AK, Moyo S, Richoux NB (subm HydroB). Combined stomach content, stable isotope and fatty acid analyses

reveal dietary details of freshwater mullet (Myxus capensis, Mugilidae) from a river and estuary headwater region. Highlights

terrestrial/aquatic trophic exchanges

2. ArcticWeb // Effects of “subsidies” vs climate change (U Laval et autres)

3. Projet région Athéné (C. Vacher, Biogeco + Ispa + Gretha+ PNR) - Modéliser les

couplages forêt-atmosphère-rivière

Processionnaire du pin

Phytoplankton dynamics: biotic and abiotic factors


➔ Phytoplankton in Arcachon

➔ 300 taxa, 12 highly resolved groups (>=genus)

➔ Hyp : diversity maintenance despite

competition, differing f(environment)

➔ Analysis of real as well as simulated plankton-

like data (methods check)

➔ (Very) weak competition so far, despite blooms

➔ Observed niches do not explain coexistence.

Hidden niches?Paper in prep.

Meetings

(Grenoble,

Nantes)

Réseaux d’interactions combinant différents types

d’interactions


Pocock et al. 2012 Science

Les relations structure-stabilité connues sont-elles

les mêmes dans de tels réseaux ?

Comment sont connectés ces réseaux et pour quelles

conséquences sur la stabilité de la communauté ?

Quelles sont les interactions indirectes possibles

dans de tels réseaux ?

Sauve et al. 2014, Oikos

→ Simulations numériques + Analyse de réseaux

Sauve et al. 2016, Ecology

→ Analyse d’un réseau empirique + analyse stabilité

Sauve et al. 2016, Theoretical Ecology

→ Approche analytique

Réseaux trophiques à l’échelle du paysage


Hackett & Sauve, et al. in prep.

Quel est le rôle des espèces

dans les réseaux trophiques

résolus à l’échelle du paysage ?

Les communautés sont-elles

contraintes aux habitats ?

Sauve, et al. in prep.

Quel est l’effet de la diversité d’habitats

sur le service de pollinisation ?

Hackett et al. in prep.

Effets de la saisonalité sur les réseaux écologiques


Saavedra et al., 2016, EcologyMcMeans et al., 2016, TREE

Des changements de régimes alimentaires

au cours d’une année...Les réseaux trophiques changent de

structure au cours d’une année.

Phénologies et connexions entre écosystèmes


Réseau trophique, récif coralien, Yoon et al. 2004

s1 s2

f1 f2 f3

Habitat 1 Habitat 2 Habitat 3

Knight et al. 2005, Nature

Chevillot et al. 2016 MEPS

Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques


Recrutement L.Carassou CR2 à Irstea, UR EABX, ‘écologie fonctionnelle et biodiversité’

Systèmes estuariens soumis à diverses pressions (Gironde, Afrique du Sud, USA)

Biodiversité aquatique (poissons principalement)

Approche analyse données existantes, liens forts problématiques ETI

Approche expérimentale/terrain structure communautés estuariennes

(structure trophique, approche isotopes/acides gras)

Carassou et al., ESCO, 2016

Co

ntr

ibutio

n (

%)

SIAR (δ13C, δ15N poisson et sources)

MDS (35 acides gras poissons et sources)Carassou et al., soumis à

Hydrobiologia

Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques


Projet en cours:

o EPIZHONE ‘Etude pluridisciplinaire intégrée des zones humides estuariennes’

(Gretha, EPOC, Irstea-EABX, Irstea-ETBX, ETI) – Co-porteurs: Ferrari S., Coynel A.

Caractérisation des liens biodiversité-usages zone humide des Jalles/Blanquefort

Données flore (CBNSA), faune (OAFS), approche paysagère et fonctionnelle

Projets soumis ou en cours d’élaboration:

o MALABAR ‘Metabarcoding appliqué à la biodiversité des communautés

Microalgales du bassin d’Arcachon’ (Biogeco, Ifremer, ETI) – Porteur: Franc A.

Biodiversité morphologique, moléculaire vs. fonctionnelle? (« taxonomic sufficiency approach »)

o Enjeux de préservation de la biodiversité en zone urbaine (en cours de discussion avec

Bordeaux métropole) (Biogeco, Irstea-EABX, Irstea-ETBX, ETI, …) – Porteurs: Benot M.L., Allard D.

Liens écologie paysage – biodiversité (théorie des graphes) + focus diversité aquatique

Recrutement L.Carassou CR2 à Irstea, UR EABX, ‘écologie fonctionnelle et biodiversité’

Systèmes estuariens soumis à diverses pressions (Gironde, Afrique du Sud, USA)

Biodiversité aquatique (poissons principalement)

Approche analyse données existantes, liens forts problématiques ETI

Approche expérimentale/terrain structure communautés estuariennes

(structure trophique, approche isotopes/acides gras)

Géographie quantitative / écologie du paysage


Thèse géographie Université de Bourgogne Franche-Comté

(Besançon, UMR Théma)Dir. Jean-Christophe Foltête (UMR Théma), Céline Clauzel (UMR LADYSS)

‘Comparative impact of land use and land cover dynamics

on ecological and aesthetic functions of landscapes’

Soutenance hier…

Champs de recherche :

- modélisation de réseaux spatiaux (cartographies de connectivité spatiale flore/faune ou

espèces ‘simulées’, scénarios prospectifs d’aménagements)

- protocoles automatisés pour le développement de cartographies

d’occupation du sol à haute résolution, validations in situ et photo-interprétations

-protocoles d’entretiens et modélisation d’accompagnement (sciences sociales)

3 publications + 1 soumise + 2 dvpts logiciel + 3 conference papers

(Applied Geography, Journal of Environmental Management, European Journal of Geography,

CyberGeo, Ladscape Ecology)

Idées et projets en cours – Yohan Sahraoui


(adapted from Diaz et al., 2010)

Principes de construction d’un graphe paysager

(application potentielle données flore/faune ou espèces simulées

Epizhone

Bx métropole?

Multiples disciplines, multiples écosystèmes…

Coffee break

LabEx COTE

TRANFERT DE CARBONE LE LONG DU CONTINUUM VÉGÉTATION-SOL-NAPPE-RIVIÈRE-ATMOSPHÈRE DANS LE BASSIN DE LA LEYRE

(LANDES DE GASCOGNE, SO FRANCE)

Loris Deirmendjian


Vue d’ensemble


➔ Meilleure définition du rôle des ruisseaux et rivières dans le cycle

global du carbone. Tours à flux

NEE = -480

Flux en g C m-2 an-1

CO2

C

?

C

C

?

?

?

?

Pompage biologique (NEE)

Export via drainage

Dégazage

Transfert latéral amont-aval

?

?

?

Amont

Aval

?

Eddy covariance/Tours à flux

C dans nappes + débits/surface

Bilan de masse isotopique

C eaux de surfaces + débits

Crues

90 % export de DOC

50 % export de DIC

Export total

50% DOC

50% DIC

Facteurs de contrôle

Hydrologie

DOC = 3.6

DIC = 9.5

CH4 = 0.005

COP = 0.6

Drainage+Erosion

(2.7% NEE)

CO2= 8.1

CH4 = 0.005

Dégazage

(1.6 % NEE, 60% drainage)

DOC = 2.6 (50%)

DIC = 1.9 (40%)

CH4 = 0.002

POC = 0.6 (10%)

Export Lagune

(40% Export total)

NEP

aquatique

Respiration

du sol

Influence de la matière organique

dissoute (MOD) et d’herbicides, seuls et

combinés, sur des microalgues d’un

continuum eau douce-eau marine

COQUILLÉ Nathalie


Influence de la MOD et d’herbicides, seuls et combinés, sur des microalgues

d’un continuum eau douce-eau marine


précipitations

ruissellement

infiltrationruissellement

MODMOD

MOD

MODinfiltrationruissellement

Biodisponibilité

Piégeage

?

Effet du paysage sur la structure des communautés

fongiques foliaires

Thomas Fort


Effet du paysage sur la structure des communautés

fongiques foliaires


Habitat forestier = source de micro-organismes

foliaires pour la vigne ?

➔ Echelle locale : effet de lisière ?

➔ Echelle régionale : effet de la

composition du paysage ?

Appel à projets « transfert »

2016

Projet : AGROLIBS

Assemblée générale du

LabEx COTE

2 décembre 2016

Le projet

Titre du projet

Unité LabEx porteuse du projet

INRA UMR 1391 ISPAEquipe intra-unité

BIONUTNom du porteur de projet

Anne GALLET-BUDYNEKUnité(s) du LabEx COTE co-contractante(s) -

Equipe(s) intra-unité(s) -

Partenaires du projet extérieurs au LabEx

COTELaboratoire CELIA UMR 5107

Entreprise IVEA Solution

Axe Transfert

□ Médiation

□ Réseau

□ Educatif

□ Autre, précisez :

Mots clés LIBS, analyse multi-élémentaire, éléments

totaux, plantes, sols, matières

fertilisantes, évaluation de méthodes,

chimiométrie, optimisation de matériel

d’instrumentation

2 décembre 2016 AGROLIBS72

Objectifs

Evaluer la pertinence des analyses LIBS (laser-induced breakdown

spectroscopy) sur des échantillons qui ont un intérêt pour les filières

agricoles: sols, plantes, matières fertilisantes


Objectifs

Partenaire socio-économique IVEA➔ faire évoluer l’instrument « EasyLIBS » dédié aux mesures LIBS de terrain sur matériaux

solides : prendre en compte les besoins exprimés par les utilisateurs tant sur le plan

technique qu’ergonomique

➔ mettre à jour les avantages et les faiblesses de l’instrument dans ce contexte

➔ Intérêt stratégique : pouvoir accéder au marché des analyses agronomiques ?

Laboratoires de recherches CELIA et ISPA➔ améliorer les connaissances sur la LIBS pour la filière photonique

➔ nouvelle méthode d’analyse multi-élémentaire plus rapide et moins coûteuse pour la

filière agronomique répondre à des besoins analytiques croissants de l’unité pour la

gestion durable des écosystèmes :

-suivi expérimental de pools et flux d’éléments multiples,

-aide à la caractérisation de la variabilité spatiale et temporelle des données

-modélisation des cycles biogéochimiques couplés.


Moyens humains et financiers


Bourse de stage master 2

Transfert COTE

3300€

ISPA- Porteur

Cluster LAPHIA

CELIA- Partenaire

IVEA -Partenaire

Gérôme Daurès

Kevin Boudoulec

Ronald Berger-Lefébure

Bruno Bousquet

Léna Bassel Anne Gallet-Budynek

Julian Guezenoc

CDD Ingénieur

4 mois

12500€

Fonctionnement7500€-Analyses chimiques

ICP

-Achat d’échantillons

de référence

-Déplacements

Durée du projet: mars 2016 – mars 2017

Pôle de compétitivité

Route des lasers

Cluster Inno’Vin

Labex COTE

Déroulé du projet

-3 séries de campagnes de mesures LIBS par types

d’échantillons, analysés en parallèle par des méthodes

de référence

-Traitement des spectres par analyse multivariée /

chimiométrie : modèles de calibration et validation

- Evaluation des performances analytiques, retour

d’expérience sur l’utilisation de l’instrument


Résultats - Bilan


Élément

Easy LIBS portable

Sols Végétaux Fertilisants

Conc. Détec Quanti Conc. Détec Quanti Conc. Détec Quanti

Al 19-91 g/kg <5–2570 mg/kg 0,03-3,3 g/100g

Mg 1,4-15 g/kg 0,6-8,0 g/kg 0,2-23 g/100g

Fe 8,9-97 g/kg 18-1440 mg/kg 0,1-2,1 g/100g

Na 1,0-16 g/kg ----------------- ---------------- 0,2-1,3 g/100g

K 5,2-27 g/kg 3,0-87 g/kg 0,1-5,1 g/100g

Ca 1,8-257 g/kg 0,3-42 g/kg 1,0-38 g/100g

Mn 254-2290 mg/kg 8,5-160 mg/kg 16-1450 mg/kg

Cu 4,6-124 mg/kg 1,5-26 mg/kg 9,8-2221 mg/kg

Zn 28-238 mg/kg 1,7-74 mg/kg 94-845 mg/kg

P 379-3505 mg/kg 0,2-7,2 g/kg 0,7-39 g/100g

Cd 0,1-0,7 mg/kg 0,03-0,63 mg/kg 0,5-20 mg/kg

C 8,4-41 g/kg ----------------- 2,4-416 g/kg

N 0,7-4,2 g/kg ----------------- 0,3-77,4 g/kg


Végétaux – Potassium :

Concentration en K (g/kg) prédite par le modèle

R² = 0,95 ; Q² = O,94 ; RMSEP = 2,62 g/kg

Co

nce

ntr

ation

en

K (

g/k

g)

me

su

rée

pa

r IC

P-A

ES

Résultats - Exemple

Retour d’expérience LIBS portable


➔ Découverte d’un régime d’intensité laser plus stable après chauffe de

l’appareil.

➔ Protocole expérimental spécifique établi pour l’utilisation de l’instrument.

➔ Couche logicielle à améliorer notamment concernant la partie

prétraitement spectral (retrait ligne de base, normalisation…)

➔ Correction possible du jitter électronique pour version 2 de

l’instrument.

Déroulé du projet: faits marquants

➔ 1er Mars – 1er septembre 2016: stage master OPEX /soutenance

➔ 19 juillet + 9 novembre 2016: réunions d’étapes avec IVEA

➔ Rédaction de 2 notes à l’intention d’IVEA : retours sur l’utilisation de

l’instrument portable EasyLIBS (5 juillet, 8 novembre)

➔ Participation aux journées LIBS France 2016: 12-16 septembre 2016

(9e Conférence Internationale de Laser-Induced Breakdown

Spectroscopy, Chamonix): présentation d’un poster

➔ Participation au congrès international «SCIX », 18-23 sept 2016,

Minneapolis, USA: présentation orale

➔ Article scientifique en cours de rédaction concernant l’analyse du K par

LIBS (sélection de variables).2 décembre 2016 AGROLIBS80

Impact socio-économique

➔ Encore trop tôt pour proposer une solution commerciale d’analyse

basée sur la technique LIBS et permettant d’accéder au marché des

analyses agronomiques

➔ Mais des pistes d’amélioration issues de cette étude seront prises en

compte pour un instrument « EasyLibs » nouvelle génération bientôt en

production:

- ergonomie, maniabilité de l’instrument

- améliorations du laser

- logiciel de pilotage et d’acquisition des données


Conclusions / perspectives

➔ Des mesures LIBS sont tout à fait réalisables sur des échantillons

préparés de sols, de végétaux et fertilisants: résultats positifs pour la

détection et la quantification simultanées de Ca, Mg, K, Na, Fe, Al

➔ Limitations identifiées : 1) sensibilité du détecteur, 2) gamme spectrale

du spectromètre peuvent empêcher la détection de certains

éléments: ex: Cu, P

➔ Collaboration à poursuivre: projet interdisciplinaire en préparation pour

une soumission à la Région Nouvelle Aquitaine/ ADEME


Ingénieurs« transfert » 2016

Projet : PARASOLClémence Gaudard

Assemblée générale du

LabEx COTE

2 décembre 2016

Le projet

Titre du projet PARtage des connaissances scientifiques avec les

pêcheurs professionnels en rivière pour la grande

Alose et en mer pour la SOLe

Unité LabEx porteuse du projet Irstea - EABX

Equipe intra-unité EABX-FEE

Nom du porteur de projet Jérémy LOBRY

Unité(s) du LabEx COTE co-contractante(s)

Equipe(s) intra-unité(s)

Partenaires du projet extérieurs au LabEx COTE AAPPED Gironde (Association Agréée des Pêcheurs

Professionnels en Eau Douce de la Gironde)

CRPMEM Aquitaine (Comité Régional des Pêches

Maritimes et des Elevages Marins d’Aquitaine)

Axe X Transfert

X Médiation

X Réseau

X Educatif

□ Autre, précisez :

Mots clés Pêche, Gironde, Sole, Alose

6 décembre 2016 Le projet PARASOL84

Le projet PARASOL

Contexte

➔ Les estuaires abritent une

biodiversité remarquable et

de nombreuses espèces

d’intérêt halieutique.

➔ Or, de nombreuses

espèces parmi les plus

exploitées ont vu leurs

populations et/ou les

pêcheries s’effondrer

› l’alose vraie

› la sole

6 décembre 201685

Objectifs

➔ Partager les connaissances scientifiques avec les pêcheurs

professionnels en rivière pour la grande Alose et en mer pour la

Sole sur les facteur environnementaux pouvant affecter le cycle

de vie de ces poissons, notamment durant leur passage en

estuaire.

› Pour les scientifiques : faire un point sur les connaissances et la

bibliographie disponibles

› Pour les pêcheurs : mieux connaitre les processus en jeu et mieux

les intégrer dans les discussions sur la gestion des stocks

➔ Une synthèse bibliographique + des actions de transfert (fiches

à destination des pêcheurs, co-organisation d’un évènement

grand public avec le soutien du LabEx…)

➔ (Ré) apprendre à mieux échanger entre pêcheurs et

scientifiques

6 décembre 201686 Le projet PARASOL

Moyens humains et financiers

6 décembre 201687

½ Salaire IT

½ Salaire IT

+ fct

Le projet PARASOL

Déroulé du projet/faits marquants

➔ Première prise de contacts : AG COTE 2014

➔ Recrutement Clémence : 4/01/2016

➔ Départ Clémence : 18/11/2016

› Janvier – Juin

• biblio, rencontres…

› Juillet – octobre

• rédaction synthèse

› Août – novembre

• fiches cycles de vie

› Depuis sept/oct

• relectures, finalisation (90%)

› Octobre – novembre

• évènement Alose (demain)


Impact socio-économique

➔ De bons contacts scientifiques-pêcheurs

➔ Un vrai partage de connaissances

➔ Meilleure appréhension par les pêcheurs

du contexte global de la dynamique de la ressource

➔ Lobbying

➔ Négociations

➔ Gestion durable de la ressource


Conclusions / perspectives

➔ Finaliser et valoriser les sorties (synthèses, fiches…)

➔ Poursuivre le(s) dialogue(s)…

➔ … et les intronisations ??!!!

➔ Compter des oiseaux


Discussion : boite à idées


➔ Les questions de la communauté :

› Comment se prépare le post LabEx COTE ?

› Comment faire vivre les sites ateliers ?

› Serait-il possible d’aller vers une labellisation des sites ateliers ?

› Pourrait-on faire un ouvrage de synthèse du LabEx COTE ?

› Quelle est la politique du LabEx COTE vis-à-vis des cellules de transfert ?

➔ La question du Codir :

› Avez-vous des propositions pour de nouvelles actions de formation et de

transfert ?

Merci à tous !&

RdV au buffet

LabEx COTE

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