Polimorfisme nukleotida tunggal di TNFAIP3 dikaitkan dengan risiko

rheumatoid arthritis pada populasi Han Cina bagian utara

Kelompok 15

1.LA ODE MUH. DIMAN

2.SITTI MUNAWARAH

3.WA ODE SARMIMIN

Latar belakang

Rheumatoid arthritis (RA) adalah penyakit autoimun sistemik yang ditandai oleh peradangan kronis yang merusak dalam sendi sinovial. Hal ini juga diketahui bahwa faktor risiko genetik dan lingkungan dan interaksi mereka berkontribusi pada patogenesis RA. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara polimorfisme penting dalam α tumor necrosis factor (TNF)-induced protein 3 (TNFAIP3) gen dan risiko RA di utara populasi Han Cina yang besar.

Suatu penelitian menunjukkan bahwa beberapa polimorfisme

nukleotida tunggal (SNP) dalam lokus TNFAIP3 manusia terlibat

dalam peningkatan kerentanan terhadap Remathoid Arthritis (RA)

terkait SNP (rs6920220 dan rs10499194) yang terletak di dekat

oligodendrocyte faktor transkripsi 3 (OLIG3) dan gen TNFAIP3.

Studi pada populasi Kaukasia mengidentifikasi bahwa SNP dalam

lokus kandidat, seperti rs6920220, rs13207033, rs582757

berhubungan dengan RA.

Alat dan bahan

Alat

Alat yang digunakan yaitu TaqMan SNP tes , ABI Prism 7500 Urutan Detection System,

Bahan

Bahan yang digunakan yaitu sampel DNA, primer, fenol-kloroform.

Metode penelitian

Subyek penelitianStudi kasus-kontrol ini, yang dilakukan antara Juli 2010 dan Desember 2013, termasuk 1.280 pasien RA didiagnosis dan 1280 kontrol yang sehat. Semua kasus RA dipilih mengikuti fitur diagnostik RA yang ditetapkan oleh American College Rheumatology kriteria. Pada saat yang sama, subyek kontrol sehat yang tidak berhubungan tanpa indikasi RA dipilih. Kontrol semua frekuensi dicocokkan dengan kasus pada usia (± 3 tahun) dan gender. Penyelidikan manusia telah disetujui oleh Komite Etika Shengjing Rumah Sakit Universitas Kedokteran China, dan informed consent diperoleh dari masing-masing peserta. Semua pasien yang tidak terkait etnis Han Cina. Setiap peserta menyumbangkan 2 ml darah vena dan diwawancarai untuk mengumpulkan data demografis. Tiga SNP gen TNFAIP3 dianalisis dalam penelitian ini: rs10499194, rs2230926 dan rs13207033.

Analisis statistik

Uji chi-square Pearson digunakan untuk membandingkan distribusi variabel demografis dan SNP genotipe antara kasus dan kontrol. Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) dari genotipe diuji dengan melakukan kebaikan-of-fit tes χ2. Analisis regresi logistik tanpa syarat dilakukan untuk menghitung odds ratio (OR) dengan interval kepercayaan 95% (CI) untuk memperkirakan hubungan antara genotipe tertentu dan RA. Interaksi dievaluasi dengan analisis cross-over dan model regresi logistik.

SYRAT SAMPEL PDA METODE FLUOROBAGAIMANA PROSES EKSTAKSI dna PDA FLUOROSyarat metode pada taqman

Semua analisa statistik dilakukan dengan SPSS (v16.0), jika tidak dinyatakan khusus. Semua tes dua sisi, dan signifikansi statistik didefinisikan sebagai p <0,05. Berdasarkan frekuensi yang diamati dari tiga SNP, kami menggunakan platform analisis SHEsis untuk menghitung indeks linkage disequilibrium (D 'dan r2) dan menyimpulkan frekuensi haplotipe.

Isolasi dan genotip DNA

Sampel DNA genom diisolasi menggunakan metode fenol-kloroform. SNP dianalisis dengan tes TaqMan. Untuk SNP yang dipilih, dirancang TaqMan SNP tes genotip yang digunakan. Primer dan probe disintesis oleh Shanghai Generay Bioteknologi Co, Ltd (PR China).

Urutan probe dan primer terdaftar sebagai berikut:

rs2230926, forward primer: GAT TTG AGA GAC TCC AGT TGC CA, reverse primer: GCG TTC AGG ACA CAG ACT TGG, probe 1: FAM-AGC GTG CTG AAC AGC GCC TTC-Tamra , Probe 2: HEX-AGC GTG CTG CAC AGC GCC T-Tamra; rs13207033, forward primer: GCA CAA TGA AAG AGA GAG AAG TAG AAT AAT, reverse primer: ATC AAC ATT TGT CTA TTT TAT GCT CCA, probe 1: FAM-TAC AGA TTT TTT CAC CCC T-MGB, Probe 2: HEX-CTA CAG ATT TTA CTT TCC-MGB; rs10499194, forward primer: GCT ATC AGT TTC ATT ACC TAA GAA ATA GAG AC, reverse primer: CAA CGG ATA AGC AAT CAG ACC A, probe 1: FAM-AAT GTG TTC AAC CCT TT-MGB, Probe 2: HEX-CAA ATG TGT TTA ACC CTT T-MGB. Fluoresensi terdeteksi menggunakan ABI Prism 7500 Urutan Detection System (Applied Biosystems). A 10% sampel acak bertopeng mata pelajaran diuji dua kali oleh orang yang berbeda untuk kontrol kualitas, dan hasilnya ditemukan dalam perjanjian untuk semua duplikat set.

SEKIAN

DAN

TERIMA KASIH