TEKNIK POLIMORFISME & EPIGENETIK

TEKNIK POLIMORFISME & EPIGENETIKPOLIMORFISMEPengertian : keadaan gen pada pembentukan enzim bebeda. Tetapi pada sisi kuantitas dan kualitas berbeda dengan normalKelebihan polimorfismeDapat terjadi pada gen pembentuk enzim pemetabolisme obatMetabolisme tersebut merubah obat menjadi metaboliknya dan sebagai pengakhir kerja obatJika enzim pemetabolik dan metabolisme meningkat akan menyebabkan efek obat cepat habisPerbedaan Polimorfisme dengan MutasiMutasi :perubahan pada sintesis drastisPolimorfisme:perubahan pada sintesisnya sedikitMutasi : kondisinya lebih sedikit ( pada perubahan sintesis produk)Polimorfisme: lebih banyak ( pada perubahan sintesis produk)Teknik polimorfismeDNA (molecular) markersMerupakan polimorfisme yang dideteksi pada sekuen DNA pada nukleus dan pada organel

Keuntungan: Tidak dipengaruhi lingkungan Jumlah tidak terbatas Pengukur variasi yang objektif

Kekurangannya : perlu teknik yang dan alat yang lebih kompleks.

TIPE DNANUCLEARORGANEL

Mitochondrial DNA(mtDNA) Chloroplast DNA(cpDNA)

RFLPTipe-tipe molekular markers

RAPD

AFLP

SSR7

Aplikasi marker SSR

Memiliki polimorfisme yang tinggi : bervariasi antar individual

- Dapat diulangi dengan hasil yang sama : di lab yang berbeda

- Kodominan : harus dapat mendeteksi bentuk yang berbeda dari marker, membedakan homosigot dan heterosigot

-Terdistribusikan secara merata di seluruh genom

Dapat membedakan: dapat mendeteksi perbedaan antara individu yang berkerabat dekat

Tidak tergantung pada lingkungan dimana individu hidup ataupun tahap perkembangan individu

-Tidak mahal : murah, mudah, cepat

- Mudah diukurProperti marker genetik yang baik:epigenetikEpigenetik menunjukkan bahwa gen dapat dipengaruhi oleh lingkungandengan mekanisme struktur nuclease yang secara langsung maupun tidak langsungmengubah fenotip (Prasetyo,2010). dalam epigenetikAdapun metode dalam epigenetik ini dibagi menjadi tiga yaitu : Metilasi,Modifikasi Histon, Post Transkripsi/ RNA interference (Prasetyo,2011)Teknik metilasiMetilasi merupakan penambahan gugus metil pada basa DNA umumnya terjadi pada CpG island (Baylin,2009CpG island merupakan daerah yang memiliki banyak C dan G mencapai 200-3000 bp, ciri-cirinya adalah dekat dengan gen. Pada orang normal CpG island ini tidak mengalami metilasi (Bird,2008).DNA metilasiPenambahan gugus metil (S-adenosyl-methionin) pada (hanya) sitosin (yang diikuti oleh guanin) menjadi methylcytosin oleh bantuan enzim DNMTs (DNA metil transferase)

Teknik MetilasiApabila termetilasi maka akan mengakibatkan gene silencing (Bird, 2002).Adapun mekanisme metilasi ini adalah ketika metilasi pada CpG island maka metilsitosin akan mengundang MBP, dan MBP ini akan mengundang MBPMBP lain sehingga sekuen DNA tidak bisa dikenali. Hal ini mengakibatkan protein aktivator tidak dapat menempel dan mengaktifkan enhancer sehingga tidak terjadi transkripsi sehingga tidak ada protein. Gene silencing inilah yang memicu kanker (Prasetyo,2011).Pada manusia, DNA metilasi biasa terjadi pada gen promoter, menyebabkan gen silence Pada sel kanker :banyak terjadi metilasimetilasi pada promoter sehingga menjadi silence mensupress tumor supressor gen (p53)Implikasi klinis :Hipermetilasi pada CpG island digunakan sebagai marker molekuler kankerCpG island normally unmethylatedDistribusi CpG island pada genom manusia dan perbedaan pola metilasi pada sel normal dan sel tumor

Prosedur methylation specific (MS)-PCR untuk deteksi metilasi pada sel tumor

Metode Modifikasi HistonUntuk modifikasi histon melibatkan asetilasi yang berfungsi untuk melonggarkan histon dan deasetilasi yang berfungsi untuk mengencangkan ikatan histon (Prasetyo, 2010). Asetilasi histon mengakibatkan aktivasi transkripsional apabila deasetilasi maka tidak ada aktivitas transkripsi (Jacobson, 2004).Teknik Post Transkripsi/ RNA interference Untuk RNAi atau RNA interference adalah RNA yang mengganggu pada transkripsi maupun sebelum translasi (Prasetyo, 2011).Epigenetik pada intinya merupakan perubahan fenotip yang tidak permanen (Tuschl, 2002).Epigenetik tidak diwariskan apabila terjadi perubahan stimulus saat masa kehamilan (Prasetyo, 2011).