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Réseaux d’information sur la biodiversité
#biodiversityaq
Les projets SCAR-MarBIN et ANTABIF
Bruno Danis
Monday 27 February 12
Menu du jour
• le contexte• les réseaux d’information• les fonctionnalités• les carottes• un exemple d’application• les perspectives
Monday 27 February 12
Contexte
Monday 27 February 12
le Traité Antarctique
« In order to promote international cooperation in scientific investigation in Antarctica, […],
Scientific observations and results from Antarctica shall be exchanged and made freely available. »
Monday 27 February 12
• Haute adaptation à un environnement extrême
• Haut niveau d’endémisme (>50% des espèces)
• Essentiellement marine (78% vivent sur le fond)
• >8000 espèces connues. Estimations: autour de 20.000
• Sous-étudiée (surtout les zones abyssales)
• Probablement très sensible aux changements climatiques
• Besoin de systèmes d’information performants et dédiés
Biodiversité Antarctique
Monday 27 February 12
Conservation et utilisation soutenable
de la biodiversité
Développement de politiques et prises de
décision
Monitoring de l’état et des variations de la
biodiversité
Données sur la biodiversité
Importance des donnéesoriginal slide: Vishwas Chavan
Monday 27 February 12
Un enregistrement digital détaillant l’instance d’un organisme: “quoi, où, quand, comment, par qui?” concernant une occurence
Les données primaires sur la biodiversité
original slide: Vishwas Chavan
Monday 27 February 12
• Prédire les effets des changements climatiques
• Analyser et prédire la dispersion des maladies sur les humains, les cultures, ...
• Choix de nouvelles zones protégées
• Suivi des espèces invasives et prédiction des voies d’invasion
• Informer les preneurs de décision
• Fournir des données aux communautés scientifiques
Applicationsoriginal slide: Vishwas Chavan
Monday 27 February 12
Les réseaux d’information
image: Anja Jentzsch
Monday 27 February 12
SCAR-MarBIN et ANTABIF
• SCAR Marine Biodiversity Information Network
• Antarctic Biodiversity Information Facility
• Financement: BELSPO.be + Sources internationales
• Scientific Committee on Antarctic Research (SCAR)
• International Polar Year 2007/08 (IPY)
• Census of Antarctic Marine Life (CAML)
Monday 27 February 12
Notre vision:Les données sont Ouvertes, Liées, Utiles, et Sauvegardées
Copyright: © Christian Morel
original slide: Mark Parsons
Monday 27 February 12
Les données sont Ouvertes
La philosophie pratique de l'open data préconise une libre disponibilité pour tous et chacun, sans restriction de copyright, brevets ou d'autres mécanismes de contrôle.—Wikipedia
original slide: Mark Parsons
Monday 27 February 12
Les données sont Liées
Une methode pour exposer, partager, et la connexion de données via des URI (identifiant uniforme de ressource) dereferenceable sur le Web.—Wikipedia
original slide: Mark Parsons
Monday 27 February 12
Les données sont Utiles
original slide: Mark Parsons
Documentées, et utilisable dans un certain contexte d’analyse
Monday 27 February 12
Les données sont Interopérables
original slide: Mark Parsons
La standardisation des données et des métadonnées permet aux systèmes d’échanger de l’information, de manière optimale
Monday 27 February 12
Les données sont Sauvegardées
A l’abri des hackers, de l’obsolescence, de changements non documentés, de la perte, et des ravages du temps.
original slide: Mark Parsons
Monday 27 February 12
Philosophie
• Construire un écosystème électronique
• Offrir un accès ouvert aux données et à la technologie
• Exposer les données et metadonnées, dans de multiples contextes
• Rester à l’écoute de la communauté
• Adopter une forte standardisation
• Supporter la science et les processus de conservation
Monday 27 February 12
Web2.0Web participatif, social et intelligence collective
Markus Angermeier
Monday 27 February 12
Les portails de données
• En ligne depuis Oct 2005
• accès ouvert
• 953,000 visiteurs
• 8,700,000 hits
• 60,000,000 dld records
• Citations: 183
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Monday 27 February 12
Taxonomie• Le premier RAMS
• Panel de 60+ éditeurs
• WoRMS, CoL and EoL
• 17,098 taxa (RAMS)
• RAS en construction
• 24,248 taxa (RAS)
Monday 27 February 12
Monday 27 February 12
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Biogéographie• 7M entrées
• 7.200 datasets
• 5,235 taxa
• OBIS, GBIF
• Téléchargeable
• WebGIS
• WebservicesMonday 27 February 12
Architecture & Fonctionnalités
Monday 27 February 12
• organisé en sous-domaines: “.aq” = Antarctica• www.biodiversity.aq• data.biodiversity.aq• ipt.biodiversity.aq• afg.biodiversity.aq• atlas.biodiversity.aq
biodiversity.aq
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• site généraliste• news• contact• sponsors• gouvernance• flux RSS: blog, PIC, photostream, slideshare,
Mendeley
www. biodiversity.aq
Monday 27 February 12
data. biodiversity.aq• trouver les données et les métadonnées• visualiser les occurrences sur une carte
interactive• accéder aux données taxonomiques• télécharger les données• accéder aux statistiques d’utilisation• envoyer du feedback
Monday 27 February 12
data.biodiversity.aq
Monday 27 February 12
ipt. biodiversity.aq• préparer et nettoyer les données• publier les données primaires• publier les metadonnées• exposer les données et métadonnées
vers les autres systèmes d’information• générer et soumettre une publication de
type “Data Paper”
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ipt.biodiversity.aq
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Flux de données
Your data
standardize
DwC-A
upload publish
IPT ANTABIF
publish
Data Paper
(votre point de vue)
Monday 27 February 12
afg.biodiversity.aq• Aide à l’identification• Plateforme de publication/partage pour
des guides de terrains personnalisés• Images de haute qualité• Descriptions d’experts• Construit à la volée, depuis différentes
sources• Génération d’un pdf
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Antarctic Field Guidesafg.biodiversity.aqafg. biodiversity.aq
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afg.biodiversity.aqafg.biodiversity.aq
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afg.biodiversity.aq
Monday 27 February 12
afg.biodiversity.aq
Monday 27 February 12
afg.biodiversity.aq
Monday 27 February 12
afg.biodiversity.aq
Monday 27 February 12
afg. biodiversity.aq
Monday 27 February 12
Monday 27 February 12
Monday 27 February 12
atlas.biodiversity.aq• Editions papier et digitale(s)• Ré-édition de Hedgepeth 1969• Générer des cartes thématiques• Générer des cartes prédictives• Construire une plateforme interactive• Préparer un livre électronique• Génération dynamique du contenu
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Hedgpeth 1969’s Folio
Monday 27 February 12
Superposition (et partage) de couches de données
SlopeBathymetryChlorophyll
Distance to the continentDistance to bird colonies
Distance to iceDistance to shelf
Distance to canyonFloor temperature
...
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Monday 27 February 12
atlas.biodiversity.aq
Monday 27 February 12
Monday 27 February 12
les Carrotes
Monday 27 February 12
Publier les données? • Traité Antarctique• Data policies (Internationales et Nationales)• Reconnaissance de ses pairs• Transparence• Amélioration constante, recyclage,,...• (vraie) Intégration des données• publication dans des contextes variés• systèmes de citation
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Data PaperMetadata document
Récompenser l’effortipt
Monday 27 February 12
les “Data Papers”
• Une publication scientifique dont le but principal est de décrire un set de données.
• Avantages des Data Papers
– crédit aux contributeurs de données
– description des données dans un format structuré, lisible par un humain
– attirer l’attention des la communauté scientifique sur
Monday 27 February 12
Inciter la publication des données
Monday 27 February 12
• Compléter les métadonnées en ligne en utilisant l’IPT
• Générer le manuscrit (MS) pour le ‘Data Paper’ (menu: Manage Resource – RTF Download)
• Soumettre le MS pour publication dans l’une des revues: ZooKeys, PhytoKeys, BioRisks, NeoBiota, Biodiversity Data Journal, Nature Conservation
• Révision (si nécessaire) en utilisant aussi l’IPT puis re-soumission
Etape par étape
Monday 27 February 12
• un DOI (Digital Object Identifier) est assigné
• le papier est publié sous format (a) imprimé, (b) PDF, (c) HTML, et (d) XML, puis archivé dans PubMedCentral
• le DOI est lié à un identifiant persistant dans les registres d’ANTABIF/GBIF
• votre “Data Paper” est indexé par Web of Knowledge (ISI), PubMedCentral, Scopus, Zoological Record, Google Scholar, CAB Abstracts, Directory of Open Access Journal (DOAJ), EBSCO.
Une fois le MS accepté...
Monday 27 February 12
• les Métadonnées doivent être complètes• les éléments fournis sont suffisament étayés • les données décrites dans le ‘Data Paper’ sont
Ouvertes au moment de la soumission du MS
Et bien sûr...
Monday 27 February 12
Application:Identifier les lacunes
Monday 27 February 12
Evaluer notre ignorance
• “Nettoyage” de toute la base de donnée
• Données bathymétriques ajoutées à toutes les entrées benthiques
• comptage des espèces vs stations pour les phylums majeurs (nematoda, mollusca, cnidaria, echinodermata, chordata, arthropoda & annelida)
• comptage des espèces vs stations pour les groupes majeurs (poissons, oiseaux et mammifères, pélagique et benthiques)
• Analyse bathymétrique. Stations & espèces benthiques en fonction de la profondeur.
Monday 27 February 12
Ensemble des données
Monday 27 February 12
Toutes les espèces
Monday 27 February 12
Nematoda
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
Annelida
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
Cnidaria
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
Echinodermata
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
Mollusca
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
Chordata
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
Arthropoda
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
• La couverture spatiale & taxonomique varie fortement en fonction du groupe considéré
• Certains taxa majeurs sont “manquants”: Eponges, Isopodes, Pycnogonides, Bryozoaires, Decapodes, Crinoides & Brachiopodes
• Zones sous- ou non-échantillonnées: ouest de la mer de Weddell, mer d’Amundsen, zones abyssales
Résumé
Monday 27 February 12
Benthos
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
Pelagos
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
Oiseaux et Mammifères
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
Poissons
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
• Distorsion vers les zones peu profondes, les stations de recherche et les trajectoires de navires de recherche
• Ensemble du jeu de données: les observations d’oiseaux et de mammifères dominent l’analyse de l’effort d’échantillonnage
• Les données benthiques déterminent les schémas d’ensemble de la richesse spécifique
• Co-occurrence entre les “hotspots” de données benthiques et la présence de stations
Conclusions
Monday 27 February 12
Notre ignorance est Abyssale
Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011
Monday 27 February 12
• La distorsion due à la variabilité de l’effort d’échantillonnage est responsable d’un grand nombre de patrons observés
• Distorsion massive due à un sous-échantillonnage du profond
• Certaines zones et taxa, bien représentés, sont utilisables pour des analyses ultérieures
Conclusions
Monday 27 February 12
2,8 espèces d’isopodes sont décrites chaque année
600+ ont été découvertes durant ANDEEP
214 années pour tout décrire!
De Broyer C & Danis B, DSRII 2011
Autre problème...
Monday 27 February 12
Perspectives etc...
Monday 27 February 12
Héritage digital du CAML et de l’IPYEtat de l’environnement Antarctique, Etat 0 Nouvelle biorégionalisation, aires marines protégéesLe lien entre plusieurs disciplinesConsolidation de la communauté du SCARConservation informée et adaptativeOptimisation des efforts de recherche
Conclusions générales
Monday 27 February 12
Le futur (proche)
Expansion/évolution des capacitésInteropérabilitéIntégration des données génétiquesOutils d’aide à l’identificationImplication de la communauté
Monday 27 February 12
Rose A. DZMB
(quelques) Défis
Science basée sur un usage intensif des donnéesIntégration d’autres types de donnéesDonnées noires et données orphelinesDéluges de donnéesFracture numériqueChangement de culture
Monday 27 February 12
image © NY Times
#biodiversityaq
Monday 27 February 12
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